Download PDFs (when available) and extract plain text to support full-text evidence, writing `papers/fulltext_index.jsonl` and `papers/fulltext/*.txt`. **Trigger**: PDF download, fulltext, extract text, papers/pdfs, 全文抽取, 下载PDF. **Use when**: `queries.md` 设置 `evidence_mode: fulltext`（或你明确需要全文证据）并希望为 paper notes/claims 提供更强 evidence。 **Skip if**: `evidence_mode: abstract`（默认）；或你不希望进行下载/抽取（成本/权限/时间）。 **Network**: fulltext 下载通常需要网络（除非你手工提供 PDF 缓存在 `papers/pdfs/`）。 **Guardrail**: 缓存下载到 `papers/pdfs/`；默认不覆盖已有抽取文本（除非显式要求重抽）。
Plan tutorial modules from a concept graph, including module objectives and sequencing, saving as `outline/module_plan.yml`. **Trigger**: module plan, tutorial modules, course outline, 模块规划, module_plan.yml. **Use when**: tutorial pipeline 的结构阶段（C2），已有 `outline/concept_graph.yml`，需要把概念依赖转成可教学的模块序列。 **Skip if**: 还没有 concept graph（先跑 `concept-graph`）。 **Network**: none. **Guardrail**: 每模块明确 objectives + outputs（最好含 running example 步骤）；避免 prose 段落。
Synthesize evidence into a structured narrative (`output/SYNTHESIS.md`) grounded in `papers/extraction_table.csv`, including limitations and bias considerations. **Trigger**: synthesis, evidence synthesis, systematic review writing, 综合写作, SYNTHESIS.md. **Use when**: systematic review 完成 screening+extraction（含 bias 评估）后进入写作阶段（C4）。 **Skip if**: 还没有 `papers/extraction_table.csv`（或 protocol/screening 尚未完成）。 **Network**: none. **Guardrail**: 以 extraction table 为证据底座；明确局限性与偏倚；不要在无数据支撑时扩写结论。
Create a novelty/prior-work matrix comparing the submission’s contributions against related work (overlaps vs deltas). **Trigger**: novelty matrix, prior-work matrix, overlap/delta, 相关工作对比, 新颖性矩阵. **Use when**: peer review 中评估 novelty/positioning，需要把贡献与相关工作逐项对齐并写出差异点证据。 **Skip if**: 缺少 claims（先跑 `claims-extractor`）或你不打算做新颖性定位分析。 **Network**: none (retrieval of additional related work is out-of-scope unless provided). **Guardrail**: 明确 overlap 与 delta；尽量给出可追溯证据来源（来自稿件/引用/作者陈述）。
Initialize a new workspace by copying the standard artifact template (STATUS.md, CHECKPOINTS.md, UNITS.csv, DECISIONS.md + folders). **Trigger**: workspace init, initialize workspace, workspace template, 初始化 workspace. **Use when**: 启动任何 pipeline run（必须先有 workspace 工件与目录骨架）。 **Skip if**: workspace 已初始化且不希望覆盖既有文件（除非显式 `--overwrite`）。 **Network**: none. **Guardrail**: 不要修改 `.codex/skills/workspace-init/assets/` 模板；默认不覆盖已有文件。
Write structured notes for each paper in the core set into `papers/paper_notes.jsonl` (summary/method/results/limitations). **Trigger**: paper notes, structured notes, reading notes, 论文笔记, paper_notes.jsonl. **Use when**: survey 的 evidence 阶段（C3），已有 `papers/core_set.csv`（以及可选 fulltext），需要为后续 claims/citations/writing 准备可引用证据。 **Skip if**: 还没有 core set（先跑 `dedupe-rank`），或你只做极轻量 snapshot 不需要细粒度证据。 **Network**: none. **Guardrail**: 具体可核对（method/metrics/limitations），避免大量重复模板；保持结构化字段而非长 prose。
Execute exactly one runnable unit from `UNITS.csv` (first TODO whose dependencies are DONE), then update unit status and artifacts. **Trigger**: unit executor, run one unit, next unit, step-by-step pipeline, 逐条执行, UNITS.csv. **Use when**: 需要严格“一次只做一个 unit”（可审计、可中断），并遵守 checkpoints/HUMAN 阻塞逻辑。 **Skip if**: 要端到端自动跑（用 `research-pipeline-runner`）或 workspace 不存在。 **Network**: none. **Guardrail**: 只执行一个 unit；满足验收且输出存在才可标 `DONE`；遇到 HUMAN checkpoint 必须停下。
Compile a LaTeX project and run basic QA (missing refs, bib errors, broken citations), producing `latex/main.pdf` and a build report. **Trigger**: latex compile, build PDF, LaTeX errors, missing refs, 编译PDF, 引用错误. **Use when**: 已有 `latex/main.tex`（通常来自 `latex-scaffold`），需要确认可编译并输出失败原因报告。 **Skip if**: 还没有 LaTeX scaffold（先跑 `latex-scaffold`）。 **Network**: none. **Guardrail**: 编译失败也要落盘 `output/LATEX_BUILD_REPORT.md`；不做“内容改写”，只做编译/QA。
Generate and verify BibTeX entries from paper notes, writing `citations/ref.bib` and `citations/verified.jsonl`. **Trigger**: citation, BibTeX, ref.bib, verified.jsonl, references, 引用, 参考文献. **Use when**: 已有 `papers/paper_notes.jsonl`，需要为 prose/LaTeX 准备可追溯的引用（每条都有 url/date/title 验证记录）。 **Skip if**: 还没有 paper notes（或本次产出不需要引用/参考文献）。 **Network**: 自动验证通常需要网络；无网络时可先 record，再标注 needs manual verification。 **Guardrail**: 每个 BibTeX entry 必须对应一条 `citations/verified.jsonl` 记录；prose 只能使用已存在于 `citations/ref.bib` 的 citation keys。
Write a systematic review protocol into `output/PROTOCOL.md` (databases, queries, inclusion/exclusion, time window, extraction fields). **Trigger**: protocol, PRISMA, systematic review, inclusion/exclusion, 检索式, 纳入排除. **Use when**: systematic review pipeline 的起点（C1），需要先锁定 protocol 再开始 screening/extraction。 **Skip if**: 不是做 systematic review（或 protocol 已经锁定且不允许修改）。 **Network**: none. **Guardrail**: protocol 必须包含可执行的检索与筛选规则；需要 HUMAN 签字后才能进入 screening。
Define tutorial scope, target audience, prerequisites, learning objectives, and a running example; output a tutorial spec for downstream planning. **Trigger**: tutorial spec, scope, audience, prerequisites, learning objectives, running example, 教程规格. **Use when**: tutorial pipeline 的起点（C1），需要先锁定教学目标与边界，再进入 concept graph / module planning。 **Skip if**: 你不是在做教程产出（或已经有明确且不允许改动的 tutorial spec）。 **Network**: none. **Guardrail**: 结构化 spec 优先；避免提前写长教程 prose（prose 在 C3）。
Add bias/risk-of-bias assessment fields to an extraction table and populate them consistently. **Trigger**: bias, risk-of-bias, RoB, evidence quality, 偏倚评估, 证据质量. **Use when**: systematic review 已生成 `papers/extraction_table.csv`，需要在 synthesis 前补齐偏倚/质量字段。 **Skip if**: 不是 systematic review，或还没有 `papers/extraction_table.csv`。 **Network**: none. **Guardrail**: 使用简单可复核刻度（low/unclear/high）+ 简短 notes；保持字段一致性。
Write a 1-page literature snapshot (`output/SNAPSHOT.md`) from a small core set + a bullets-only outline. **Trigger**: snapshot, literature snapshot, 速览, 48h snapshot, one-page snapshot, SNAPSHOT.md. **Use when**: 你要在 24-48h 内交付一个“可读的研究速览”（bullet-first，含关键引用），而不是完整 survey。 **Skip if**: 你已经进入 evidence-first survey 写作（有 `outline/evidence_drafts.jsonl` / `citations/ref.bib` / `output/DRAFT.md`），应改用 `subsection-writer`/`prose-writer`。 **Network**: none. **Guardrail**: 不发明论文/引用；引用只来自 `papers/core_set.csv`（或同 workspace 的候选池）；不写长段落（避免“像综述生成器”）。
Score and filter topics for X content creation using weighted criteria. Use when user wants to evaluate collected materials, filter topics by score, or mentions "filter topics", "score materials", "x-filter", "选题筛选". Applies 10-point scoring system with customizable weights.
紧急求救 - 飞船坠毁后与Stella的首次联系,帮助她评估损伤并制定初步生存计划
Collect and research materials for X (Twitter) content creation using multi-round web search strategy. Use when user wants to gather trending topics, research subjects for X posts, or mentions "collect materials", "research topic", "find content for X", "x-collect". Performs 4-round deep research mimicking human research workflow.
当用户发送"换窗口处理-"时调用。总结当前窗口的上下文信息、已完成任务、未完成任务，保存到 docs/context-sessions/ 目录，便于新窗口恢复。
4-phase systematic debugging for flow-fix. NO FIXES WITHOUT ROOT CAUSE INVESTIGATION FIRST.
Search GitHub issues, pull requests, and discussions across any repository. Activates when researching external dependencies (whisper.cpp, NAudio), looking for similar bugs, or finding implementation examples.
自媒体写作交互式助手。帮助完成从选题到发布的完整流程。适用于：开始写新文章、检查草稿质量、诊断发布后数据不佳的原因。